В 1941 г. большое количество сотрудников было мобилизовано. Их место занимают врачи «ускоренных» выпусков и эвакуированных учреждений.

Первый санитарный поезд, прибывший в город Киров, 1941 год

Военные годы были суровым испытанием для всей противоэпидемической службы, в т.ч. и для дезинфекционной. Высокая инфекционная заболеваемость, особенно паразитарными тифами, «лихорадила» медицинскую службу.

Весь военный период основной структурой облсанэпидстанции были банно-дезотряды, работавшие в районах в неимоверно трудных условиях. Дезинфекционную службу во время Великой Отечественной войны возглавляла врач К.Ф.Борисова.

Несмотря на сложную эпидемическую обстановку в военный период врачи-эпидемиологи и госсанинспекция проводят огромную работу по ликвидации вспышек инфекционных заболеваний.

С целью предупреждения распространения инфекционных заболеваний во всех эвакогоспиталях введены должности эпидемиологов; в районах проводились так называемые «санкультпоходы» (осмотр на вшивость и санитарно-просветительная работа).

В области регулярно проводились семинары по актуальным вопросам эпидемиологии военного времени.

Для оказания помощи практическому здравоохранению привлекались научные сотрудники Кировского института эпидемиологии и микробиологии и Ленинградской военно-морской медицинской академии.

Благодаря слаженной работе всех звеньев здравоохранения удалось предотвратить массовое распространение инфекционных заболеваний, быстро локализовать их очаги.

Рабочие эвакуированного в город Киров завода №38 готовят оборудование в подарок Сталинграду, г. Киров, 1943 год

В связи с эвакуацией в область в период Великой Отечественной войны крупных заводов вводятся дополнительные ставки промышленных санитарных врачей и с 1944г.  работает санитарный врач Зюзина, которая в основном курировала все оборонные заводы. В  некоторых случаях обследования проводились с участием специалистов кафедры, эвакуированной Военно-морской медицинской академии. Часто в этих обследованиях принимал участие инженер ВММА Коузов.

Вопросы охраны труда не раз обсуждались на заседаниях областного Совета депутатов трудящихся с принятием соответствующих решений.

Кировская областная госсанинспекция регулярно докладывала НКЗ о санитарном состоянии эвакуированных  заводов.
   
В 1942 г. в г. Кирове было 21 крупное промышленное предприятие и 46 в области. Медицинских работников  беспокоила высокая профессиональная заболеваемость; так – на Песковском чугунолитейном заводе в 1944 году было зарегистрировано 825 несчастных случаев, из них 73 – смертельных. По отдельным отраслям решался вопрос по изменению технологических процессов, обеспечению индивидуальными средствами защиты и др.

В 1943 г. в связи с освобождением территории страны от немецких захватчиков организуются отряды для проведения противоэпидемических и дезинфекционных работ на освобожденной территории. В Кировской области было сформировано 5 таких отрядов.

В 1945 г. по решению Правительства в связи с переселением в Калининградскую область из Кировской области было отправлено 2 эшелона (263 хозяйства — 1312 человек, в том числе 450 детей). Эшелоны формировались из «благополучных» мест; все переселенцы перед отправкой проходили санобработку.

Несмотря на принятые меры, локальные вспышки инфекционных заболеваний продолжали регистрироваться и в послевоенный период.

Для локализации их привлекались студенты 3-4-х курсов, учащиеся медицинских училищ в период прохождения практики.